Au Royaume enchanté, la voleuse Blanche-Neige fuit un chasseur de primes surnommé le Bûcheron, tandis que le berger David se rend dans un voyage fatidique pour vendre sa ferme familiale. À Storybrooke, la Méchante Reine menace de détruire la ville et ses habitants, à moins que Mary Margaret et David ne cèdent leurs cœurs. Alors qu'Emma, Crochet et Henry se préparent à défendre Storybrooke, Mary Margaret, David et Regina recherchent un arbuste magique créé par la première étincelle du Véritable Amour. Regina utilise la romance naissante entre M. Gold et la Méchante Reine à leur détriment, et Zelena donne à Belle un conseil amical.

Emma et Regina font équipe afin de trouver un moyen de sauver la vie d'Henry. Pendant ce temps, dans le pays des contes de fée, le Prince Charmant tente d'échapper aux griffes de la Méchante Reine afin de retrouver Blanche Neige qui, à son insu, a déjà croqué dans la pomme empoisonnée de la Reine.

Emma, Mary-Margaret, David et Regina, qui essaie de garder secrète sa romance nouvelle avec Robin des Bois, essaient de trouver le moyen de briser la malédiction en tentant de reprendre point par point comment ils y sont parvenus la première fois. Seul une chose a changé et elle peut s'avérer déterminante : Henry ne croit plus en la magie et la réalité des contes. Ils commencent à rechercher le livre de contes de fées, mais Mary-Margaret ignore comment le trouver, car elle avait mis la main sur l'ouvrage par magie, alors que Henry se posait des questions sur sa vie. Pendant ce temps, Crochet a été enlevé par Rumplestiltskin et Zelena, qui le menacent de tuer Henry s'il n'utilise pas son baiser maudit sur Emma avant la naissance du bébé de Mary-Margaret.

Avant que Crochet ne puisse passer à la prochaine étape dans sa relation avec Emma, celui-ci souhaite s'assurer que David le voit comme plus qu'un simple pirate. Alors lorsque ce dernier lui demande son aide pour découvrir la vérité sur la mort de son père, Crochet accepte. Pendant ce temps, Regina tente d'acclimater Robin à la vie à Storybrooke, mais découvre bientôt qu'il possède un côté obscur susceptible de rendre la tâche plus compliquée que prévu.

Le Dr. Whale doit soigner les blessures de Hook et opérer l'inconnu dont la voiture a eu un accident à l'entrée de Storybrooke. Mais certains des habitants craignent que l'inconnu n'ait vu de la magie, ce qui pourrait exposer leurs vraies identités au monde et ils pensent que le laisser mourir serait la meilleure solution. Parallèlement, tandis que Mr. Gold tente de renouer avec une Belle découragée, Cora essaie de renouer avec sa fille Regina. Enfin, dans le monde des contes de fée, Victor veut désespérément prouver à son père qu'il peut ramener les morts à la vie.

Mr. Gold prend la décision d'affronter Pan, mais il est-ce qu'il va aller là bas pour sauver Henry ou céder à la prophétie que le garçon le mènera à sa perte? Neal se retrouve au Pays Imaginaire et sous la garde de l'un des plus fidèles des Enfants Perdus de Pan. David se bat pour sa vie tandis que le poison continue à faire sentir ses effets sur lui. Pendant ce temps, dans le conte de fées, Rumplestiltskin va à la recherche d'un Bae disparu, qui a suivi un personnage mystérieux qui vole des enfants avec sa musique.

Pour leur premier rendez-vous, Crochet veut profiter de sa soirée avec Emma et demande donc à Gold de lui rendre sa main. Mais avec elle reviennent les vieux réflexes de pirate brutal. Dans la Forêt Enchantée, Anna retrouve enfin Rumplestiltskin qui lui propose un marché étrange.

Henry convainc Emma de rester à Storybrooke pour continuer sa quête de sauveuse du monde des contes de fées. De son côté, Regina concocte un plan qui pourrait la débarrasser définitivement d'Emma. Pendant ce temps, au royaume féerique, Blanche Neige cherche à enrôler le plus de personnes possible pour attaquer la Méchante Reine et sauver le Prince Charmant.

Avec le mur de glace qui cerne la ville, tout Storybrooke veut se soulever contre Elsa, mais Emma est convaincue qu'il y a une autre personne contrôlant la glace, et c'est un nouveau-venu dans la ville qui va lui indiquer la réponse. Dans les flash-backs, Elsa se prépare à l'assaut de la famille de Hans, venue jurer vengeance et ayant trouvé le moyen de lutter contre les pouvoirs de la reine d'Arendelle.

Un matin, Zelena apparaît dans la demeure de Regina, apparemment pour discuter du passé et du lien qui les unit. Regina n'est pas dupe et comprend qu'il se trame quelque chose : en effet, Zelena est venue retenir Regina pendant que Rumplestiltskin est parti vers le groupe de Robin des Bois et dérober le cœur de la Méchante Reine, n'hésitant pas à menacer le fils de Robin pour l'obtenir. Zelena a ainsi tous les éléments dont elle a besoin sauf un : l'enfant à naître de Blanche-Neige. Regina force Belle à fouiller dans les grimoires pour comprendre le sort que veut lancer Zelena pendant qu'elle réunit Emma, de plus en plus puissante, Blanche-Neige, Charmant et Crochet pour une séance de spiritisme afin d'invoquer l'esprit de la seule personne à avoir toutes les réponses : Cora. L'invocation semble échouer mais l'esprit réapparaît finalement dans la demeure de Regina et tente de s'en prendre à Mary-Margaret. Malgré les efforts de Regina, Cora prend possession du corps de la future mère, ce qui permet à cette dernière de découvrir le passé de Cora et de comprendre les raisons qui l'ont motivé à se venger de la famille du roi Leopold et à abandonner Zelena. Elle découvre ainsi, comme Belle l'a vu dans les livres, que Zelena prévoit de lancer un sort lui permettant de remonter dans le passé et de changer l'histoire en tuant la princesse Eva avant qu'elle n'épouse Leopold, empêchant ainsi la venue au monde d'Emma et de Henry. Regina et Blanche-Neige réalisent alors à quel point leur relation est compliquée mais alors que Regina se montre fataliste, Blanche-Neige l'encourage à avoir espoir et croire au bonheur. Elle accepte son sort et se donne une chance avec son nouvel amour, Robin des Bois.

Avec l'aide du Capitaine Crochet, Regina tente de mettre au point un plan qui l'aidera à retourner avec Henry au royaume magique. Cependant, sa stratégie se retourne contre elle et la petite ville Storybrooke pourrait bien être rayée de la carte. Parallèlement, Emma a de plus en plus de soupçons vis à vis de Tamara. Pendant ce temps, au pays des contes de fée, la Méchante Reine demande à Rumplestiltskin de la transformer en paysanne méconnaissable dans le but de tuer Blanche Neige, devenue très méfiante. Ainsi déguisée, elle a également l'objectif tordu de gagner l'amour et le respect de ses sujets.

Mary Margaret embauche M. Gold comme avocat quand Emma est obligée de l'arrêter pour le meurtre présumé de la femme de David, Kathryn. Pendant ce temps, dans le pays des contes de fées, le Prince Charmant est déterminé à stopper Blanche Neige, dont la mémoire est altérée par la potion de Tracassin, dans sa tentative d'assassiner la Méchante Reine.

La réalité et le mythe commencent à fusionner tandis que les personnages de contes de fée sont réveillés par la malédiction brisée de la reine Maléfique Regina et qu'ils commencent à se souvenir qui ils étaient. Mais à leur grand désarroi, ils ne sont pas transportés dans le monde des contes de fée. Pour aggraver les choses, Rumplestiltskin alias M. Gold, dans un effort pour prendre le dessus dans sa lutte de pouvoir avec Regina, a introduit la magie en ville. Dans l'univers des contes de fée, la magie a sa place mais dans le monde original, elle peut avoir des conséquences insondables.

Parallèlement, dans l'univers des contes de fée, le prince Philippe réveille la Belle au Bois Dormant, Aurore, mais découvre que lui et sa compagne de voyage, Mulan, feront bientôt face à un ennemi mortel.

Regina revient voir le Dr Hopper pour voir s'il peut l'aider à ne plus utiliser la magie, afin qu'elle puisse récupérer Henry. Plus tard dans la nuit, en rentrant chez elle, elle aperçoit son ancien fiancé, Daniel. Elle va voir le Dr Whale, et constate que celui-ci a été attaqué ; il lui confie qu'il a réussi à ramener Daniel à la vie mais il est devenu un monstre. David quant à lui, décide d'apprendre à Henry à monter à cheval, mais la situation s'envenime lorsque Regina lui apprend que Daniel, désormais un dangereux monstre, se dirige aux écuries (étant le dernier endroit où il était avec Regina, avant sa mort). Daniel dit à Regina qu'elle doit le laisser partir, elle enlève alors le charme de conservation, détruisant ainsi son corps. Après être retournées au camp des survivants, Emma, Mary-Margaret, Aurore et Mulan trouvent un homme, qui s'avère être le capitaine Crochet, et le seul encore en vie. Il les informe du plan de Cora, puis ils se mettent à chercher un haricot magique afin qu'ils puissent trouver la boussole qui leur permettra de rentrer à Storybrooke.

Dans l'univers des contes de fées, dans le passé, Rumpelstiltskin voulait apprendre à Regina l'art de la magie, mais refusait de la laisser espérer ressusciter Daniel. Jefferson lui a alors suggéré de faire appel au Dr Frankenstein, d'un autre monde, pour ramener Daniel, mais ce fut un échec. Ceci n'était qu'une mise en scène de Rumpelstiltskin pour pousser Regina plus loin tout en permettant au docteur d'obtenir un cœur magique résistant pour ses expériences.

Henry se réveille dans une Storybrooke maudite et découvre qu'Emma a été enfermée à l'asile, tandis que la Fée Noire est devenue maire de la ville. Henry tente d'aider Emma à recouvrer la mémoire alors que Gold cherche à découvrir ce qui est réellement arrivé à Belle.

Pendant ce temps, Blanche-Neige, Charmant, Regina, Zelena et Crochet sont piégés dans un Royaume enchanté au bord de la destruction, essayant de trouver un moyen de rejoindre Emma et Henry.