Cora et le Capitaine Crochet affrontent Mary Margaret et Emma dans une course pour la boussole, qui indiquera à son possesseur la localisation du portail vers Storybrooke. De l'autre côté, Regina et M. Gold veulent désespérément empêcher Cora d'arriver jusqu'à eux et mettent au point un plan qui tuera toute personne entrant par le portail, y compris Mary Margaret et Emma. Pendant ce temps, au pays des contes de fée, le Capitaine Crochet se rend au pays des merveilles et fait la connaissance d'une Reine de coeur vengeresse.

M. Gold et Belle convainquent Emma d'aider Gideon, expliquant qu'ils peuvent ensemble arrêter la Fée Noire. Henry ressent un changement troublant dans ses pouvoirs, poussant Regina à chercher conseil auprès du précédent Auteur. Pendant ce temps, au Royaume enchanté, Crochet tente de gagner l'aide d'un vieil adversaire en pariant sa plus précieuse possession dans une partie de cartes. Dans le passé, la Fée Noire torture le jeune Gideon dans l'espoir d'en faire le parfait apprenti.

Ariel est renvoyé à Storybrooke avec un objet qui aidera Belle à trouver un artefact caché. Crochet, Neal et Emma se sont mis à capturer l'ombre de Peter Pan. Mary Margaret est contrariée que David ait caché son empoisonnement.

Le shérif Graham fait d'Emma son adjointe contre l'avis de Regina. À Storybrooke, le sol tremble et une fosse géante apparaît. Henry, curieux, se met en danger lorsqu'il décide d'explorer le gouffre pour voir si son contenu peut lier les habitants de Storybrooke au monde féerique. Parallèlement, dans le monde des contes de fées, Jiminy Cricket aspire à quitter l'entreprise familiale pour devenir la personne qu'il veut être.

Dans le passé, Blanche-Neige et le Prince Charmant font un vœu spécial destiné à protéger Emma. Le résultat du souhait pousse alors tout le Royaume à chanter, ce qui rend la Méchante Reine furieuse.

À Storybrooke, la Fée Noire annonce vouloir jeter une nouvelle Malédiction sur la ville, tandis que Crochet et Emma se préparent pour leur mariage.

Regina est accusée d'avoir assassiné un des personnages de contes de fée les plus aimés de la ville mais seule Emma pense qu'elle pourrait être innocente. Parallèlement, dans le monde des contes de fée, après avoir capturé la Reine Maléfique, Blanche Neige et le Prince Charmant préparent son exécution publique pour débarrasser le monde de sa tyrannie meurtrière.

Emma a découvert que la Reine des neiges a été l'une de ses mères d'accueil mais elle n'en a aucun souvenir. Belle ne tient plus : elle sait où est Anna car elle l'a déjà rencontré, ainsi que la Reine de Glace, lors d'un bref séjour à Arendelle.

Les habitants de Storybrooke se préparent pour la fin quand Greg et Tamara enclenchent le détonateur que Regina avait placé au sein de la malédiction, avec la destruction de la ville et de ses habitants imminente. Mr. Gold pleure la mort de son fils, Bae/Neal. Parallèlement, dans le Neverland du passé, Hook découvre son lien à un jeune Bae après l'avoir secouru de la mer et se rend compte rapidement que les Enfants Perdus sont à la poursuite du garçon.

Emma est embauchée par Mr Gold afin de retrouver Ashley Boyd, une jeune femme enceinte. Elle accepte, sans savoir qu'Ashley a promis son enfant à M. Gold, et qu'elle a fui pour pouvoir le garder. Emma la retrouve et la conduit à l’hôpital où elle donne naissance à une petite fille. Pour qu'Ashley et Sean puissent garder l'enfant, Emma fait à son tour un pacte avec Mr Gold. Dans le monde des contes, Cendrillon a également passé un marché avec Rumpelstiltskin.

Henry, ayant réussi à convaincre Crochet de se débarrasser de Barbe Noire, libère Emma qui a gardé ses souvenirs intacts. Alors qu'Henry, Emma et Crochet s'enfuient de la tour et rejoignent le continent, Lily, le garde de la tour, prévient Blanche-Neige. Crochet se sacrifie pour qu'Henry et Emma mènent à bien leur mission. Ils retrouvent la trace de Regina et Emma la convainc d'avouer son amour pour Robin. Ils rendent donc au mariage afin d'annuler les méfaits d'Isaac. C'est sans compter sur Rumplestilskin qui se met sur le chemin d'Emma avec qui il entame un combat pendant que Regina se rend dans l'église. Seulement, Emma est désarmée et Rumplestiltskin est sur le point de tuer Henry mais Regina s'interpose. Il est trop tard, les cloches sonnent et les plans d'Isaac ne peuvent être contrés, d'autant plus qu'il n'est plus l'Auteur ayant enfreint l'une des règles d'or de ce métier : ''Ne jamais écrire sa propre fin heureuse''. Robin est auprès de Regina, Emma est stupéfaite et Zelena se plaint des taches de sang sur sa robe lorsque Henry se saisit de la plume et se rend compte qu'il est le nouvel Auteur. Il utilise alors ce pouvoir pour annuler l'histoire d'Isaac et revenir à Storybrooke, où Henry brise la plume. Tous présents chez Granny, les habitants de Storybrooke se retrouvent et sont heureux d'être de retour. Néanmoins, jusqu'à ce que Belle débarque en furie appelant à l'aide, Gold étant sur le point de mourir. L'Apprenti le libère des ténèbres grâce au chapeau mais celles-ci réussissent à s'enfuir. L'épisode s'achève sur la révélation de l'identité du magicien : Merlin ; et sur l'identité du nouveau Ténébreux : Emma Swan, se sacrifiant afin de sauver Regina.

David est confus quand il doit choisir entre quitter sa femme Kathryn pour Mary Margaret, ou rester avec elle malgré ses sentiments pour Mary Margaret. Parallèlement, dans le monde des contes de fées, le prince charmant est mis au défi pour ramener la tête d'un dragon en échange d'or. La véritable identité du Prince James est révélée.

Les habitants de Storybrook pour tout pour arrêter Pan avant qu'il ne lance un nouveau sort afin de faire disparaître la ville.

A New York, Crochet tente de faire resurgir en Emma quelque chose de très puissant : le véritable amour. Dans la Forêt Enchantée, Regina, Blanche, et toute l'équipe de Charmant se confrontent à une sorcière très puissante. Dans le passé d'un autre monde, une jeune fille apprend à utiliser la magie plutôt que d'être chassée par une foule.

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Emma, Mary Margaret et David partent à la recherche de Regina quand ils découvrent qu'elle a disparu ainsi que quelques haricots magiques. Mais malgré les protestations de Neal, Emma croit encore que Tamara est liée à la disparition de Regina. Mr Gold envisage de dire à Lacey la vérité sur sa capacité à faire de la sorcellerie.

Parallèlement, après que Rumplestiltskin ait abandonné son fils et l'ait laissé voyager seul à travers le portail, le jeune Bae se retrouve dans le Londres du 19ème siècle où il est accueilli par la famille Darling, se liant d'amitié avec leur fille Wendy.